ポケモンの中古を買ったのですが改造されていました

ポケモンを中古で買ったのですが、改造されていたので質問があります。 まずエメラルドなのですが、レベル3のルギアがいたりバトルポイントが数万になっていました。ポケモンはデータを消したり、逃がしたりすればいいと聞きましたが、バトルポイントまで改造されていても、データを消せば不具合なくプレイできるでしょうか？またそのソフトでＤＳにポケモンを送っても、送られたほうのソフトに不具合は出ないでしょうか。あとデータを消すというのは、ＧＢＡではさいしょからはじめるを選んで最初からプレイすればいいだけでしょうか、それともＤＳのようにコマンドを入力しなければならないのでしょうか？ あとパールも買ったのですが、改造ポケモンがいても逃がせばブラック、ホワイトに問題なくポケモンを送れるでしょうか？教えてください。